1，mysql服务端与客户端版本不匹配。
2，mysql服务端配置有缺陷或者优化不足
3，需要改进程序脚本
通过更换多个服务端与客户端版本，发现只能部分减少报错，并不能完全解决。排除1。
对服务端进行了彻底的优化，也未能达到理想效果。在timeout的取值设置上，从经验值的10，到php默认的60，进行了多次尝试。而Mysql官方默认值(8小时)明显是不可能的。从而对2也进行了排除。(更多优化的经验分享，将在以后整理提供)
针对3对程序代码进行分析，发现程序中大量应用了类似如下的代码(为便于理解，用原始api描述)：
$conn=mysql_connect( ... ... );
... ... ... ...
if(!$conn){ //reconnect
$conn=mysql_connect( ... ... );
}
mysql_query($sql, $conn);
这段代码的含义，与Mysql官方建议的方法思路相符[ If you have a script, you just have to issue the query again for the client to do an automatic reconnection. ]。在实际分析中发现，if(!$conn)并不是可靠的，程序通过了if(!$conn)的检验后，仍然会返回上述错误。
对程序进行了改写：
if(!conn){ // connect ...}
elseif(!mysql_ping($conn)){ // reconnect ... }
mysql_query($sql, $conn);
经实际观测，MySQL server has gone away的报错基本解决。
BTW： 附带一个关于 reconnect 的疑问，
在php4x+client3x+mysql4x的旧环境下，reconnet的代码：
$conn=mysql_connect(...) 可以正常工作。
但是，在php5x+client4x+mysql4x的新环境下，$conn=mysql_connect(...)返回的$conn有部分情况下不可用。需要书写为：
mysql_close($conn);
$conn=mysql_connect(...);
返回的$conn才可以正常使用。原因未明。未做深入研究，也未见相关讨论。或许mysql官方的BUG汇报中会有吧。
